En un trabajo reciente publicado en la revista Plants, investigadores del grupo de Biología Reproductiva y Microscopía Avanzada de Plantas (BReMAP) de la EEZ-CSIC han desarrollado OliveAtlas, una plataforma interactiva que contiene datos de expresión génica del olivo, así como distintas herramientas bioinformáticas y métodos de visualización que permiten la comparación múltiple de genes, la búsqueda de duplicaciones génicas, el enriquecimiento de conjuntos de genes y la descarga de los datos transcriptómicos.
Según ha informado la EEZ-CSIC, este cultivo se encuentra actualmente en expansión, con una creciente producción a nivel mundial. Recientemente, se han secuenciado cinco genomas de olivo, representativos del olivo silvestre o acebuche y de varios cultivares relevantes en términos de producción de aceite de oliva, agricultura intensiva y adaptación al clima de Asia oriental.
Sin embargo, ha subrayado que los recursos bioinformáticos y transcriptómicos disponibles para su uso en investigación y en los programas de mejora del olivar son muy escasos, a pesar de que los datos de expresión génica son cruciales para los estudios de genómica funcional.
La plataforma OliveAtlas –desarrollada en colaboración con investigadores del IHSM (CSIC-UMA) y del Instituto Universitario de Investigación en Olivar y Aceites de Oliva (UJA)- contiene 70 experimentos de RNA-seq, organizados en 10 conjuntos de datos que representan los principales órganos de la planta (raíz, tallo, meristemo, hoja, semilla, fruto, flor y polen), el proceso de germinación del polen y elongación del tubo polínico, y la respuesta de la planta a distintos tipos de estreses bióticos y abióticos, entre otras condiciones experimentales.
Se trata de una herramienta web basada en easyGDB con datos de expresión que han sido anotados tomando como referencia el genoma del cultivar picual.